INTO OUTFILE ではうまくいかなかったので。
まずは出力SQLを記述
$ vi /path/to/sqlfile.sql
select ... ;
-eでSQLをコンソール実行。awkでtsvをcsvに。
$ mysql database -hremotehost -uusername -ppassword -e "`cat /path/to/sqlfile.sql`" | awk '{gsub("\"","\\\""); $0="\""$0"\""; gsub("\t", "\",\""); print $0}' > /path/to/filename.csv